江漢關博物館展廳總面積達2300平方米,主要有《江漢朝宗——武漢城市現代化歷程》基本陳列以及展現江漢關海關業務為主題的復原陳列。展廳面積分布合理,各樓層均設置了用于參觀導覽和有關武漢城市史、租界史、海關史資料查詢的多媒體觸摸屏。
底層包括展廳出入口、咨詢中心、語音導覽中心、青少年活動中心以及博物館商店。
一層展出的是我館基本陳列——《江漢朝宗——武漢城市現代化歷程》展的第一單元《漢口開埠——武漢城市現代化的開端》、第二單元《艱難跋涉——武漢城市現代化道路的曲折探索》部分內容。此外,第一單元展廳還有報關大廳以及波羅館的復原陳列。
二層展出的是基本陳列——《江漢朝宗——武漢城市現代化歷程》展的第二單元《艱難跋涉——武漢城市現代化道路的曲折探索》部分內容以及第三單元《走向輝煌——武漢城市現代化的發展與騰飛》。此外,本樓層還有鐘樓微縮復原室、稅務司、秘書課、江務課等復原陳列。
三層主要為交流展廳和辦公區域。